Monastero di Santa Maria di Grottaferrata 1105-1873, con documenti fino al 1877. Comprende le scritture prodotte e conservate dalla comunità monastica. Conta circa 400 unità cartacee, comprendenti volumi, registri e buste di carte sciolte e 200 documenti membranacei, provenienti in parte dai monasteri italo-greci dell'Italia meridionale, raccolti nella serie "Pergamene".

Cancelleria degli abati commendatari 1462 – 1824, con documenti in copia a partire dal sec. XII, e fino al 1874.  Il fondo deriva dall'amministrazione del dominio temporale sul territorio abbaziale affidato dal papa al cardinale abate commendatario a partire dal 1462. Il regime ebbe termine nel 1824

Collegio di San Basilio de Urbe 1510 – 1861, con docc. in copia a partire dal sec. XII. Il Collegio fu sede del procuratore generale della Congregazione dei monaci basiliani d'Italia. Conta 50 unità tra registri, volumi e buste di carte sciolte.

Monumento nazionale dal 1874. Il fondo, di circa 80 unità, documenta i rapporti con le competenti amministrazioni dello Stato. In seguito all'acquisizione demaniale e al riconoscimento quale "edificio di monumentale importanza", la conservazione e la custodia del Monastero vennero affidate ai monaci.

Fondo disegni, stampe e materiali fotografici. Comprende disegni, stampe e mappe dal sec. XVII ai giorni nostri. Il fondo è costituito da oltre 300 unità, la stampa più antica è la grande pianta di Roma “Urbis Romae Sciographia ex Antiquis Monumentis accuratiss. Delineata”, opera a stampa ideata da Etienne Du Pérac, datata 1° aprile 1574, nell’esemplare stampato a Roma da Francesco Villamena agli inizi del sec.XVII. Il Fondo fotografico è costituito invece da più di 1000 opere e comprende materiali fotografici che documentano la storia della Biblioteca, del Museo, del Monumento nazionale e del territorio Tuscolano. La foto più antica è una stampa all’albumina datata 1856. Il fondo partecipa al progetto Censimento fotografia promosso dall’Istituto Centrale per il Catalogo e la Documentazione con il sostegno di Camera – Centro Italiano per la Fotografia e della Direzione generale per l’arte e l’architettura contemporanee e periferie urbane.

I fondi sono dotati di inventari per la consultazione.